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- Instituto de Biociências (IB) 129
- Instituto de Ciências Agrárias e Ambientais (ICAA) – Sinop 573
- Instituto de Ciências Agrárias e Tecnológicas (ICAT) – Rondonópolis 86
- Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde (ICBS) – Araguaia 428
- Instituto de Ciências Exatas e da Terra (ICET) 157
- Instituto de Ciências Exatas e da Terra (ICET) - Araguaia 1
- Instituto de Ciências Exatas e da Terra (ICET) – Araguaia 437
- Instituto de Ciências Exatas e Naturais (ICEN) – Rondonópolis 36
- Instituto de Ciências Humanas e Sociais 1
- Instituto de Ciências Humanas e Sociais (ICHS) 140
- Instituto de Ciências Humanas e Sociais (ICHS) – Araguaia 340
- Instituto de Ciências Humanas e Sociais (ICHS) – Rondonópolis 150
- Instituto de Ciências Naturais, Humanas e Sociais (ICNHS) – Sinop 97
- Instituto de Computação (IC) 58
- Instituto de Engenharia – Várzea Grande 248
- Instituto de Geografia, História e Documentação (IGHD) 132
- Instituto de Saúde Coletiva (ISC) 132
- Instituto de Educação (IE) 10
- Institutos de Ciências da Saúde (ICS) – Sinop 319