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- Faculdade de Medicina Veterinária (FAVET) 82
- Faculdade de Nutrição (FANUT) 118
- Instituto de Biociências (IB) 78
- Instituto de Ciências Agrárias e Ambientais (ICAA) – Sinop 387
- Instituto de Ciências Agrárias e Tecnológicas (ICAT) – Rondonópolis 86
- Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde (ICBS) – Araguaia 248
- Instituto de Ciências Exatas e da Terra (ICET) 10
- Instituto de Ciências Exatas e da Terra (ICET) - Araguaia 1
- Instituto de Ciências Exatas e da Terra (ICET) – Araguaia 254
- Instituto de Ciências Exatas e Naturais (ICEN) – Rondonópolis 36
- Instituto de Ciências Humanas e Sociais 1
- Instituto de Ciências Humanas e Sociais (ICHS) 100
- Instituto de Ciências Humanas e Sociais (ICHS) – Araguaia 147
- Instituto de Ciências Humanas e Sociais (ICHS) – Rondonópolis 150
- Instituto de Ciências Naturais, Humanas e Sociais (ICNHS) – Sinop 33
- Instituto de Computação (IC) 44
- Instituto de Engenharia – Várzea Grande 98
- Instituto de Saúde Coletiva (ISC) 70
- Instituto de Educação (IE) 1
- Institutos de Ciências da Saúde (ICS) – Sinop 266